ba modifier des choses dans une table avec MySQL (supprimer, ajouter,...)

c'est exactements pour un jeux que je veux faire sa

Le timestamp c'est plus simple, tu as tout dans une seule donnée.
Mais c'est vrai que le java en fait c'est peut être bien à allier.

Exemple :
Quand ton joueur clique sur construire un bâtiment, tu enregistre dans ta bdd l'id du bâtiment en construction, et le timestamp de départ. Avec un javascript tu affiche le décompte du temps sur la page.
A la fin du décompte javascript tu prends le timestamp, tu le compare avec celui enregistré, tu calcule le temps écoulé :
-> si le temps est >= à la durée de construction tu effaces ces données de la bdd.
-> si le temps est < à la durée de construction tu relance ton javascript pour la durée restante.
Si le joueur quitte la page, lorsqu'il revient sur la page tu regarde si il y a un bâtiment en construction, si oui tu prends le timestamp de départ, celui actuel, tu fait le calcule de temps écoulé, tu le compare à la durée de construction :
-> si le temps est >= à la durée de construction tu effaces ces données de la bdd.
-> si le temps est < à la durée de construction tu relance ton javascript pour la durée restante.

Voila en gros c'est ça. Après je conseil de mettre 3 trucs à enregistrer dans ta bdd : l'id du bâtiment (ou autre ^^), le timestamp de départ, la durée de construction. Ça évite de faire un code différent par bâtiment/niveau de bâtiment/...

le timestamp est en seconde deja
sinon,je pensais, tu es pas forcé de supprimer l'élément de ta bdd, tu peux juste le remplacer a chaque fois.
Sinon, ton serveur doit executer des requetes en plus que celles que les joueurs feront, je penses pas que cesoit une bonne idée de trop le faire travailler. Autant utiliser les outils a disposition pour faire travailler les clients.